Полнометражное аниме «Яблочное семя» было создано в 2004 году с использованием 3-D технологий. Сюжет фильма рассказывает о событиях, происходящих в 2131 году.

Последствиями глобальных военных действий, унесших жизни более половины населения планеты, было разработка и реализация концепции идеального общества. Венцом этой теории стало создание города Олимп, управляемого единой компьютерной системой «Гая» и созданием биоройдов, которым неведомы человеческие эмоции и переживания.

Но чем больше биоройдов на улицах Олимпа, тем меньше остается шансов на выживание у простых людей. Решить проблему истинного выживания человечества призвана Дюнан Нат, рядовая ESWAT, память которой скрывает ни одну тайну прошлого.