Одноименное название аниме совпадает с названием длинного двуручного меча неслучайно, ведь именно он является главным оружием общества клейморе в борьбе с демонами ёма, которые питаются человеческим мясом, а так же, поедая мозг жертвы, могут принимать его обличие и воспоминания. Сюжет начинается с того, что в одну деревеньку приглашают клейморе по имени Клэр для уничтожения ёма, который сожрал семью Лаки.

Клейморе встречается с этим мальчиком, и, чувствуя от него запах демона, решает проследить за ним. Оказывается, что ёма завладел телом брата Лаки и пытался убить его, но Клэр вовремя вмешалась.

Как узнается после, клейморе тоже от счастья являются ёма, так как для поиска используют схожие силы, и даже при частом применении они способны превратиться в ёму, что строжайше карается законом, поэтому клейморе, чувствующие приближение демона изнутри высылают сестрам черную метку, как просьбу уничтожить их.

Лаки изгоняют из деревни, как изгоняли и всех, чьи семьи были съедены. и он напрашивается в попутчики к клейморе, вместе странная пара начинает свой путь.

Манга до сих пор выпускается и сюжет не окончен, но в нем уже была разлука между Клэр и Лаки, разлука на 7 лет, после которой Лаки стал взрослым и уверенным мужчиной, которые, не обладая силой ёки, способен убить ёма.