Главным принципом алхимии является равноценный обмен, если вы хотите что-то получить, то нужно отдать, что-то равное этому в обмен. Два брата Альфонс и Эдвард пытаются вернуть свою мать, которая умерла от болезни.

Для этого они отправляются в учение к мастеру алхимии, читают запретные книги, и вот наконец все готово к обряду. Но именно из-за равноценного обмена у них не получается вернуть мать, ведь душа не подчиняется алхимии, и они воссоздают лишь ужасное существо из органов, а вот у них забирают плату за запретный опыт – у Альфонса забирают все тело, а у Эдварда – руку и ногу.

На этой мрачной ноте мы и знакомимся с героями.